Это объясняется тем, что Windows хранит некоторые иконки, используемые оболочкой, в специальном кеше. При частом изменении параметров оболочки, например смене разрешения Рабочего стола, кеш постепенно заполняется, и в дальнейшем информация в нем перезаписывается по-новому, что приводит к задержкам при перерисовке значков.

Чтобы перерисовка иконок не подтормаживала, нужно увеличить размер кеша иконок. Для этого в редакторе реестра найдите ветку HKLM\ Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer и создайте в ней строковый параметр Max Cached Icons, задав значение «5000»  (по умолчанию он почему-то не присутствует в реестре).

Эту операцию стоит выполнить и в том случае, когда значки на Рабочем столе становятся черными.